Млекопитающие
Животный мир национального парка очень богат, что связано с разнообразием естественных ландшафтов. Здесь отмечено 34 вида млекопитающих, из которых наиболее интересными являются живущие в высокогорье восточнокавказский тур и серна (имеет статус кавказского подвида). В смешанных лесах также встречаются косуля, кабан, бурый медведь. Самым обычным из мелких хищников парка является лисица, в лесах и в скальном поясе обитают лесная и каменная куницы. На обширных каменных осыпях субальпики живет эндемичный подвид горностая. В сосновых лесах встречается акклиматизированная в 50-х годах ХХ столетия алтайская обыкновенная белка. В лиственных лесах парка по сырым лугам и полянам обитают самые мелкие насекомоядные животные парка – землеройки, одни из самых древних млекопитающих планеты. В селениях ущелья, на чердаках жилых домов живут рукокрылые или летучие мыши – серые ушаны
Птицы
В парке отмечено 134 вида птиц. Из тайги сюда проникли сибирские виды – мохноногий сыч, снегирь, певчий дрозд – представитель европейской фауны. Корольковый вьюрок – из Средиземноморья, а бородач, улар, альпийская завирушка пришли из Центральной Азии. Такому смешению фаун способствует географическое положение Кавказа. Многие птицы, попавшие на Кавказ в ледниковые периоды, образовали кавказские подвиды (их на территории парка 39), а три – кавказский улар, кавказский тетерев и кавказская пеночка – эндемичные виды. У рек круглогодично живут обыкновенная оляпка и горная трясогузка, в береговых кустарниках – сорокопут-жулан. В зимнее время сюда спускается из высокогорий краснобрюхая горихвостка и реже большая чечевица. В смешанных лесах живут деряба, черный дрозд и крапивник, в сосновых – чиж. В населенных пунктах встречаются домовые воробьи, горихвостки-чернушки и сизые голуби, на которых, в зимнее время, прилетают охотиться ястреба-тетеревятники. Горный конек – массовый вид субальпийских лугов. Из хищных птиц интересны бородач, беркут, белоголовый сип и сокол-сапсан. Осенью, через территорию парка, пролетает много золотистых щурок, перепелов, черных коршунов, серых журавлей и т.д.
Земноводные и пресмыкающиеся
Земноводных всего 3 вида – зеленая жаба, квакша и малоазиатская лягушка, а пресмыкающихся 5 видов: безногая ящерица – веретеница ломкая, кавказская ящерица, обыкновенный уж, медянка (темная форма) и степная гадюка. В горных реках парка обитает 1 вид рыб – ручьевая форель.
Беспозвоночные
Беспозвоночных животных, обитающих в парке – не одна тысяча видов, одних только насекомых около 5000.
